| Il a rejoint la direction de la sécurité sociale (DSS) en tant que chef de projet « expérimentations sur les nouveaux modes de rémunération des professionnels de santé » et « personnes âgées en risque de perte d’autonomie » (2011-2013) puis sous-directeur du financement du système de soins (2013-2019). Il a ensuite été directeur général de la Haute autorité de santé (HAS) de décembre 2019 à mars 2022, où il a participé à la gestion de la crise sanitaire, avant de réintégrer l'inspection générale des affaires sociales. Il y a corédigé de nombreux rapports, notamment sur la financiarisation du système de santé, le contrat engagement jeunes, le fonds national d’action sociale de la branche famille… |
À la tête de la DREES depuis le 4 août 2025, Thomas Wanecq succède à Fabrice Lenglart, devenu directeur général de l’Insee.